Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Sleman adalah lembaga Pendidikan tingkat SMA dengan ciri khas keislaman. MAN 2 Sleman pada mulanya didirikan oleh Yayasan Kesejahteraan Tuna Netra Islam (YAKETUNIS) yang bekerja sama dengan MWC NU Kecamatan Depok sebagai Sekolah Calon Pendidik Guru Agama Luar Biasa (PGALB) bagian A (Tuna Netra) 6 tahun.

Pada tanggal 10 Juli 1978 lembaga Pendidikan yang dibangun YAKETUNIS mendapatkan SK tetap yang bernama PGALBN/A dengan SK No. 143.1968 dengan Kepala Sekolah pertama Bapak Supardi Abdussomad (seorang tunanetra). Berikut  tokoh–tokoh yang ikut bekerja sama  dalam mendirikan  Lembaga Pendidikan ini adalah:

1. Bapak Notowiarjo (Kadus Denokan Maguwoharjo)
2. Bapak Haji Soebandi BA, dan Bapak Syarkowi (Pimpinan MWC NU Kec. Depok)
3. Bapak Sholikhin dari YAKETUNIS
4. Bapak H. Abdul Fatah (Mantan Pembantu Bagian Kesra Kelurahan Maguwoharjo)

Berdirinya Lembaga ini merupakan upaya untuk mendidik generasi tunanetra penerus bangsa terutama untuk mempersiapkan mereka menjadi pendidik atau guru agama di sekolah sekolah luar biasa yang ada.

PGALB bagian A selama berkembang banyak mengalami banyak perubahan. Pada tahun 1972 berubah menjadi PGAN (Pendidikan Guru Agama Enam Tahun). Pada tahun 1978 PGAN berubah nama lagi menjadi MAN Maguwoharjo dengan SK No 7/1978 dengan status sekolah negeri. Sampai akhirnya pada tahun Tanggal 27 Januari Tahun 2017 Dengan SK Nomor 68 Tahun 2017 nama MAN Maguwoharjo berubah menjadi MAN 2 Sleman.

Dari sejak PGALB bagian A hingga saat ini  peserta didik  terdiri dari siswa tuna netra,  kemudian berkembang  juga menerima siswa tuna daksa  di samping  siswa pada umumnya. Ini menjadi keistimewaan bagi MAN 2 Sleman karena menjadi madrasah dengan konsep inklusi, yaitu madrasah yang menerima siswa tidak hanya siswa reguler tapi juga menerima siswa berkebutuhan khusus pada dua hambatan yaitu hambatan penglihatan dan hambatan fisik.